Fleet Command je vesmírná RTS, ve které se hráči zhostí jedné z mnoha planet v galaxii, která obsahuje od desíti po sto dvacet planet a jejich úkolem je prozkoumat tuto galaxii a najít a zničit domovské planety nepřátelské AI. Problém je ten, že tato AI ovládá všechny nehráčské planety a má přístup k lodím a technologiím, o kterých si hráči mohou nechat jen zdát a čím více AI hráči ohrozí (dobýváním planet, ničením jejích základen), tím větší a nebezpečnější vlny útoků na ně budou posílány, hráči tedy musí pečlivě zvažovat svůj postup a strategii.
Hra je primárně určena ke kooperativní hře až osmi hráčů a neobsahuje hru více hráčů proti sobě.
