Thorton, Michael Thorton. Čerstvý absolvent špionážní školy CIA se pouští do akce. Nad východní Evropou je sestřeleno dopravní letadlo a jste to právě Vy - Michael Thorton, kdo musí vypátrat viníky. Že to nebude nic snadné je zřejmé již z toho, že útok byl proveden nejmodernější americkou protivzdušnou raketou, která se nějak dostala do nepovolaných rukou.
Čeká na Vás zásadní rozhodnutí - jste jediný, kdo může dopátrat pravdy, ale abyste vyřešili svůj první úkol, budete se muset pustit do vyšetřování na vlastní pěst. Využít tzv.. Alpha Protocol, který platí pro agenty v nejpřísnějším utajení.
