Cargo Commander obsahuje dva herní režimy:
Career, který vyžaduje neustálé připojení k internetu a ve kterém za nasbírané zboží postupujete po úrovních a odemykáte si nové upgrady vašeho vybavení. V tomto režimu v sobě také každý sektor ukrývá minimálně jeden Sector Pass, kterým si můžete odemknout další sektor. Nutnost neustálého online připojení je z důvodu přítomnosti online žebříčků, ve kterých můžete vidět, jak si ve vašich sektorech vedli vaši přátelé nebo dokonce můžete najít jejich mrtvoly na místech jejich skonu.
Druhý režim, Journey, připojení k internetu nevyžaduje a jedná se o volný průzkum již odemčených sektorů, bez levelování a umístění na žebřících.
