V Carrier Command: Gaea Mission se stanete velitelem letadlové lodi blízké budoucnosti a přistanete v neznámém prostředí. Prozkoumávání všech jeho tajů a využití ostrovů bohatých na nerostné suroviny bude zpočátku klíčem k pokroku, ale musí probíhat pokud možno rychle. Smůla je, že planeta Taurus je válčištěm mezi United Earth Coalition (UEC) a Asian Pacific Alliance (APA), z nichž druzí jmenovaní získali v apokalyptickém konfliktu nadvládu nad Zemí...
Bojovat proti nim budete s pozemními, leteckými i námořními jednotkami (např. futuristické stíhačky, obojživelné vehikly, droidi), což vše proběhne v pohledu z vlastních očí. Postupem času postavíte báze a pokusíte se sestavit síť ostrovů zaměřených na obranu, těžbu či výrobu, jež propojíte dodávkami zásob a naopak se vynasnažíte narušit logistiku protivníka na jeho nejzranitelnějším místě. Zapomínat se přitom nesmí, že každý ostrov vyžaduje odlišnou taktiku. Plněním dynamicky generovaných misí v tomto otevřeném herním prostoru naleznete lepší technologie a zbraně - plasmový kanón, kulomet, naváděné rakety, obranní droidi apod.
