Konspirace z Deus Ex: Human Revolution se v Missing Link ještě prohlubuje. Adam během svého pátrání po pravdě v Deus Ex: Human Revolution na tři dny záhadně zmizel. Kde byl? Na co přišel? Missing Link to všechno odhalí.
Adam Jensen byl mučen agenty Belltoweru a má vypnuté všechny augmentace, takže se musí spolehnout jen na svoje základní schopnosti a uniknout z dopravní lodi mířící na neznámé místo. Při boji o přežití na lodi rozkryje další vrstvu konspirace, o které neměl ani tušení. Jako Adam se zpřátelíte s novými, záhadnými spojenci a budete bojovat s nelítostnými nepřáteli, abyste odhalili, co se děje na pozadí událostí z Deus Ex: Human Revolution!
