Aiko's Choice je strategická stealth hra odehrávající se v Japonsku v raném období Edo v rámci příběhu hry Shadow Tactics: Blades of the Shogun. Rozšíření se zaměřuje na jednu z hlavních postav hry: Aiko, adeptku kunoiči. Je mistryní kamufláže a nepřátele dokáže zmást převlečením za gejšu.
I když si Aiko byla jistá, že svůj starý život nechala za sebou, ze stínů se znovu vynoří její bývalá Sensei, mazaná mistryně špionáže Lady Chiyo, před kterou se musí mít na pozoru. Spolu se svou skupinou zabijáků se vydává zúčtovat s duchy své minulosti...
Podobně jako v hlavní hře přeberete velení nad týmem pěti profesionálních zabijáků, včetně Aiko, abyste se ukryli ve stínech mezi desítkami nepřátel. Přátelé Aiko jsou stejně nebezpeční jako ona sama:
Hayato je mrštný nindža, který svým mečem a šurikenem tiše připravuje cestu ostatním. Mocný samuraj Mugen dává přednost brutální síle, díky které může porazit více nepřátel najednou. Yuki je mladá zlodějka. Má ráda smrtící pasti, do nichž láká nepřátele. Moudrý střelec Takuma však spoléhá na svou odstřelovací pušku a pozornost nepřátel odvádí pomocí svého věrného mazlíčka Kumy.
