Příběh Supreme Commander 2 je zasazen 25 let po událostech z Forged Alliance, datadisku k původní hře Supreme Commander. Po porážce Seraphimů se všechny tři frakce (UEF, Cybran, Aeon) sjednotili pod tzv. CDC (Colonial Defense Coalition). Ovšem nic netrvá věčně a vražda nově zvoleného prezidenta CDC znovu rozpoutá válku.
Vývojáři z Gas Powered Games se netají tím, že druhý díl se nese v duchu zjednodušování. Ubylo budov, jednotek a i mapy jsou menší než v předchozím dílu. Kampaň obsahuje celkem osmnáct misí (šest za každou stranu), které se točí kolem velitelů ovládajících bojové velitelské mechy, kterých se hráč zhostí.
