Valkyria Chronicles, zasazená do období připomínajícího 30. léta 20. století, zobrazuje Evropu rozdělenou na dvě části a ovládanou dvěma mocnostmi: Říší a Federací. Říše se rozhodla zaútočit na malou neutrální zemi zvanou Gallia, nacházející se přesně uprostřed mezi oběma velmocemi, aby získala neocenitelnou přírodní surovinu. Uprostřed tohoto boje se hrdina jménem Welkin a jeho věrní vojáci ze 7. roty Federace snaží bojovat s invazí, zatímco Říše prahne po sjednocení kontinentu pod její vládu.
Běhen následné války zjišťuje Federace, že Říše získala tajnou zbraň známou jako Valkyria - pradávnou rasu se speciálními schopnostmi, o které se myslelo, že existuje jen v legendách. Tento objev znamená, že šance Federace na zvrácení průběhu války a naděje na lepší budoucnost visí na vlásku.