700 let před událostmi v Ys I a II byla země Ys na pokraji zkázy. Démoni přicházeli v houfech a donutili dvojče bohyň, které zemi vládlo, aby své poddané odvedlo z povrchu do bezpečné náruče mraků. Démoni však byli vytrvalí a při pronásledování postavili mohutnou věž. Bitva, která zuřila na zemi, začala stoupat do druhého kola nahoře.
Jednoho dne se uprostřed této vřavy bohyně ukradly do noci a zcela zmizely z Ys. A mohly odejít jen na jediné místo: do Ďáblovy věže.
Byla narychlo sestavena pátrací skupina rytířů a čarodějů, která byla vyslána na povrch v naději, že se jí podaří uprchlá božstva získat zpět. Mezi jejími členy byli rytířský učeň Yunica Tovah a problémový čaroděj Hugo Fact.
Toto je jejich příběh. Nebo si ho alespoň každý z nich takhle pamatuje.
Hra Ys Origin, která rozšiřuje herní prvky představené v Ys: The Ark of Napishtim a dále rozvinuté v Ys: The Oath in Felghana, zdokonaluje vzorec přidáním různých stylů hraní a nových prvků, které se ve světě Ys dosud neobjevily. Hra Ys Origin, kterou lze nejlépe popsat jako arkádovou plošinovku s prvky metroidvanie a komplexním, mnohotvárným příběhem, je dokonalou kombinací akce, průzkumu a příběhu. V divoce rozmanitých prostorách tohoto klasického dungeonu Ys na vás čekají obrazovku zaplňující bossové s komplexní umělou inteligencí, jedinečné plošinovkové prvky, inovativní hádanky a hluboce vtahující tajemství.