Příběh Zeno Clash 2 pokračuje tam, kde skončil původní Zeno Clash z roku 2009. Ghat se vrací zpět ke svému klanu z vyhnanství, kde byl v důsledku fatálního sporu s Father-Mother - symbolickým otcem i matkou v jedné osobě. Právě v exilu, na útěku před rozzuřenými stoupenci Father-Mother, se Ghat potkal s Golemem, záhadnou bytostí oplývající obrovskou silou a nesmírnými znalostmi. Golem po událostech prvního dílu uvězní Father-Mother a Ghatův klan se tak rozpadá. Ghat a jeho sestra Rimat se společně vydávají na cestu Zenozoikem, aby odhalili Golemovo tajemství a znovu sjednotili svou klanovou rodinu v jeden celek.
Hra navazuje na punkově-prehistorický styl, který vývojáři představili v předchozí části Ghatových dobrodružství. Tentokrát se hráč dočká otevřenějšího světa, ve kterém je opět množství bizarních postav a nepřátel, z nichž některé jsou známé už z minula. Mnohá dramatická setkání tak vyústí v kontaktní souboje, při kterých budou praskat kosti. Hra nabízí vylepšené RPG prvky a soubojový systém s funkcí lock-on, která umožňuje nastavení většího rozsahu rozdávaného poškození nepřátelům a účinnější obranu před jejich údery.
